Príbeh stredoškolských kolégií začal ešte v akademickom roku 2013/2014 na Gymnáziu armádneho generála Ludvika Svobodu v Humennom z iniciatívy Jara Varcholu. Jaro v rámci občianskeho združenia Myslím, teda som začal so skupinou stredoškolákov pravidelné filozofické diskusie, na ktorých sa od úplného začiatku zúčastňovali aj naši akademici. Vďaka Jarovi za toto pozvanie.
Od roku 2014/2015 prebralo záštitu nad týmto programom Kolégium a vznikol stredoškolský program Kolégia Antona Neuwirtha (neskôr stredoškolské kolégiá). Zároveň sa od roku 2014 k Humennému pridalo na podnet Jara Varcholu aj košické Gymnázium sv. Tomáša Akvinského. Jaro projekt zastrešoval do akademického roku 2016/2017, kedy sa Humenné odpojilo a v Košiciach pribudla ďalšia škola – Gymnázium sv. Edity Steinovej, na pozvanie vtedajšej pani riaditeľky Márie Dečovej. Od roku 2016 až do roku 2021 bol koordinátorom a akademikom Michal Čop.
V roku 2017/2018 nás na pôdu Gymnázia sv. Moniky v Prešove pozval pán riaditeľ Pavol Petrovský. Na týchto troch gymnáziách rozvíjali stredoškolské kolégiá študentov až doteraz. Na roky 2020 – 2022 sme pre tento projekt získali grant Ministerstva školstva, v rámci ktorého sme mohli pridružiť ďalšie dve školy – Gymnázium Pavla Horova v Michalovciach a Strednú priemyselnú školu elektrotechnickú v Prešove. V roku 2021/2022 bola hlavnou akademičkou programu Martina Deliová.